JPrOS2019/JES2019 サテライトイベント

jPOSTデータ解析ショートコース

コース4:定量解析

【概要】

Skyline はワシントン大学 Mac Coss Lab. で研究用に開発された無料のソフトウエアです。このソフトウエアは、もともとはSRM/MRM のメソッド作成と解析を目的としていましたが、現在はMS1 のイオンクロマトグラム解析、DIAデータをもとにしMS2 のイオンクロマトグラム解析にも対応しており、世界中の多くの研究者が利用しています。しかしその一方で、多機能なソフトウエアであるがために、非常に多くのパラメターがあり、その各パラメターやSkyline の構成を聞いても目的の解析が出来るようになるためにはさらに多くの時間を要します。そこで本コースでは、Skylineを用いて下記の2種類のうちの一方を、実データを用いてご自身で解析していただきます。Skylineの未経験者、初心者、使用を試みたが思うように活用できなかった方を対象とします。  (Skyline: https://skyline.ms/project/home/software/Skyline/begin.view

(1) target定量解析:MRM/SRM解析のための測定メソッドの作成、測定データの解析

(2) non-target定量解析:高分解能 MSデータを用いたMS1を対象としたイオンクロマトグラムの比較解析

※ 参加申し込み時に上記(1), (2) のどちらか一方をお選びください。

 

【内容】

(1) target定量解析: MRM/SRM解析のための測定メソッドの作成、測定データの解析

 

(2) non-target定量解析:高分解能 MSデータを用いたMS1を対象としたイオンクロマトグラムの比較解析

(DDAで同定されたペプチドを MS1のイオンクロマトグラムで比較解析します)

 

【事前に各自ご準備いただきたいこと】

 

【注記】

 

【担当】

(Target解析)
医薬基盤・健康・栄養研究所 プロテオームリサーチプロジェクト 鳴海 良平
サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社 渡邊 史生

(Non-target解析)
北里大学理学部附属疾患プロテオミクスセンター 小寺 義男

《アシスタント》
北里大学理学部物理学科・小寺グループ大学院生 中川 譲,角田 貴樹,伊藤 大晃