コース3：データ公開

コース3: データ公開

 

(概要)

プロテオミクスによるデータの論文化には、その根拠となる生データの公開が必須になってきております。また、様々なプロテオームデータの利活用によって、今まで解明されなかった生命現象の発見につながることが期待されます。本コースでは、プロテオームデータベースjPOST（Japan ProteOme STandard Repository/Database, https://jpostdb.org/）へのデータ登録のサポート、およびjPOSTで公開されたデータの利活用に関する情報提供を行います。

 

(内容)

• jPOST repository/jPOSTrepoについて
• jPOST repositoryへのデータの投稿準備
• ユーザー登録
• 登録するデータについて: 生データとメタデータ
• データ登録する手順: プリセット登録とプロジェクト登録の方法
• データ登録の方法の選択について：Complete submissionとPartial submission
• 登録したデータの変更について
• データ登録完了後の操作について
• jPOSTrepoに公開されたデータについて
• jPOST database/jPOSTdbについて
• jPOSTdbに公開されたデータの解釈：定量解析・パスウェイマッピングなど

 

(事前に各自ご準備いただきたいこと)

現在準備中です。

(実際にデータの登録を考えておられる方は、生データ（.rawや.willなど）、ピークリスト（.mgfなど）、結果ファイル（.mzldentMLやExcelなど）が必要となります（https://repository.jpostdb.org/helpを参照願います）。本コースでデータ登録の概要を知りたい方には、こちらで練習用ファイルを準備します。)

 

(注意点)

jPOSTrepoを閲覧するためには、以下のバージョン以上のブラウザが推奨されております。

• Google Chrome (version49+)
• Firefox (version45+)
• Microsoft Edge (version25+)
• Internet Explorer (version11+)
• Safari (version9+)

 

(担当)

熊本大学大学院生命科学研究部　小林 大樹

ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)　守屋 勇樹