コース1：DDAデータ解析

【概要】

MaxQuant (https://www.maxquant.org) を用いて DDA データの解析を行います。MaxQuant を使用したことがない方、使用したがトラブルなどがあり概要をつかめなかった方を主な対象とします。基本的な流れとして、MaxQuant の操作の実演と実行、アウトプットファイルについての説明とそのデータ解析を予定していますが、参加者の経験や要望に応じて臨機応変に対応する予定です。

 

【内容】

• MaxQuant の特徴を簡単に説明（必要であれば）
• MaxQuant のセットアップ（データベースの設定、修飾の設定など）
• MaxQuant の実演・実行
• アウトプットファイルの説明とそのデータ解析
• 時間的な余裕があれば Perseus (https://www.maxquant.org/perseus/) を用いたデータ解析（統計処理、クラスター解析、インピュテーション、z-score、ボルケーノプロット作成など）

 

【事前に各自ご準備いただきたいこと】

• 保留

 

【注記】

• MaxQuant と Perseus は Windows でのみ使用可能です。したがって、Windows が動作可能なノート PC や、リモートで Windows PC に接続できる環境をご用意ください。
• 練習用データや各種ソフトウェア（MaxQuant、Perseus）はUSB 経由で配布します。手持ちのデータを持参して、解析していただいても構いません。
• 講習では現時点での MaxQuant の最新のバージョン v1.6.5.0 を使用予定です。
• MaxQuant と Perseus の使用には.NET Framework 4.7.2 かそれ以上のバージョンも必要です。お持ちの PC にインストールされていなければここから取得してください。
  https://docs.microsoft.com/ja-jp/dotnet/framework/install/guide-for-developers

 

【担当】

京都大学大学院薬学研究科　今見　考志

医薬基盤・健康・栄養研究所 プロテオームリサーチプロジェクト　鳴海 良平

医薬基盤・健康・栄養研究所 プロテオームリサーチプロジェクト　足立 淳