コース2：DIAデータ解析

Data-independent Acquistion (DIA)コース

 

【概要】

DIAの解析手法であるSWATH-MSのデータ解析をOpenSWATHを用いて行います。OpenSWATHは多少のプログラミングを伴うツールです。そのためプログラミングを未経験な方には少々敷居の高いツールかもしれませんが、今回は『プログラミングをやったことがないけれどもやってみたい』という方を対象とした初心者向けのコースとし、プログラミングとOpenSWATH両方に触れていただきたいと考えています。

 

【作業項目】

• 必要なツールのインストール
• libraryの作り方
• ProteoWizardによるmzMLへの変換
• OpenSWATHの実行
• PyProphetの実行
• MSstatsの実行

 

【事前に各自ご準備いただきたいこと】

• 現在準備中

 

【注記】

• 時間以内に確実に終了する内容だけに課題を限定するのではなく、必須と思われる課題をカバーします。今回のショートコースの時間だけで完結するのではなく、今回のコースをきっかけにしていただき各自が継続して続けたいという環境づくりを目指します。

 

【担当】

理化学研究所生命医科学センター

トランスオミクス研究YCIラボ・特別研究員

幡野　敦